平凡的小学三年生高町奈叶，为了帮助收集圣石之种而成为了魔法少女。在圣石之种事件中和菲特成为了朋友，在暗之书事件中和八神疾风成为了朋友，在StrikerS中已经是时空管理局魔导师、总局航空教导队教导官兼一等空尉。StrikerS中意识到自己内心真实心意的奈叶，救了下心中最爱之人高町薇薇欧，并对外收养其作为女儿。《魔法少女奈叶vivid》则讲诉了两人的日常。《魔法少女奈叶》系列是奈叶逐渐和一个个少女相遇并且最后成为了朋友和爱与勇气的物语。