《虐杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰·保罗（ジョン・ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的「虐杀器官」到底是什么？