这是一个人类丧失了制海权的舞台。蹂躏大海的威胁叫做“深海栖舰”。可以对这种威胁进行反击的，只要被称为“舰娘”的承继了存活舰艇之魂的女孩子们。对抗深海栖舰的舰队据点即是“镇守府”。那里汇聚了形形色色的舰娘们，她们天天都在此处切磋练习，那里是我们共同生活的处所。某天，镇守府迎来了一名新舰娘。她是特型驱逐舰——名叫“吹雪”。吹雪的舰娘物语如今开端。