公元5012年，突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机，少数逃往月球的人类，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。然而，在无限繁殖的机械生物面前，战争陷入胶着状态，作为终极武器，人类向地球派遣了新型人造人“寄叶”部队。刚被派往地球的2B与先行调查员9S联手作战，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……